En una entrevista con Famitsu, el productor de Bravely Default dijo que el juego no sólo tendría un final, sino que contará con distintos finales alternativos. El juego tiene una historia principal, la cual sigue 4 personajes y sub-escenarios para pelear donde puedes conseguir nuevos trabajos. El escritor Naotaka Hayashi dijo que su personaje favorito aún no ha sido revelado.
Hasta el momento conocemos a dos personajes: Agnes que es la protectora del cristal del viento y Tiz, un chico que sobrevivió una calamidad. Bravely Default: Flying Fairy tiene 4 cristales y cuando el cristal del viento fue cubierto por la oscuridad el viento dejó de soplar.
El país de Agnes está basado en molinos y en estos momentos está pasando por duros momentos donde la gente está empezando a derribar los molinos. Otros desastres están ocurriendo como actividad volcánica entre otras cosas.
