Ser un asesino no es un trabajo facil y menos cuando la misma maquina del Animus te traiciona. Al igual que en Assassin’s Creed II, los videojugadores reciben un bug bastante molesto, que les termina impidiendo su avance en la historia del juego.
El primero de estos bugs, ocurre cuando quieres usar un tunel para moverte de una zona a otra. Si entras en alguno de estos tuneles, al salir de el moriras sin razon logica y debido a que el juego salva la partida tras realizar alguna accion, este se queda salvando la partida justo en el momento que usaste el tunel, dando como consecuencia reaparecer en la salida del tunel y morir una y otra vez, volviendose un ciclo sin fin.
Este bug suele suceder entra la secuencia 2 de la memoria 4, asi que UbiSoft recomienda no utilizar estos tuneles durante dicha secuencia y memoria, aunque tampoco descarta la posibilidad de que suceda en secuencias siguientes.
El siguiente bug sucede al querer realizar un Salto de Fe o algun salto normal, puede llegar a ocasionar que Ezio se quede «atrapado en el cielo», el beneficio de esto, es que te da libertad de mover la camara a tu gusto, pudiendo asi ver toda la ciudad desde lo alto del cielo. Que no te sorprenda que al hacer un salto, en lugar de ir hacia abajo, vayas hacia arriba.
UbiSoft le pide a los usuarios de Brotherhood que sean pacientes y que sean precavidos con dichos bugs, proximamente lanzaran un parche que solucione estos bugs.