Tenemos muchos meses sabiendo que el nuevo Super Smash Bros. saldría tanto para Wii U como para 3DS, algunos fanáticos de la serie se emocionaron al ver que otros títulos que saldrían para ambas consolas -como Monster Hunter 3: Ultimate- tenían interfuncionalidad entre ambas versiones y pensaban que Smash podría hacerlo también. Pero no es así.
Masahiro Sakurai le comentó a Joystiq que cada versión del juego es completamente distinta y se encuentra en diferentes etapas de desarrollo, por lo tanto la posibilidad de poder jugar entre ambas versiones no es posible.
Eso sí, asegura Sakurai que ambas versiones interactuarán entre sí, pudiendo pasar luchadores personalizados entre ambas versiones. Aún así, el desarrollador se negó a especificar de qué forma se podrán personalizar los integrantes del roster de luchadores.