Con cada juego de Uncharted, el manejo de las armas ha cambiado un poco, de hecho hasta dentro de las actualizaciones del multiplayer del segundo título hubo cambios substanciales en cómo funcionaba un rifle u otro con modificaciones en el daño, ritmo de disparo o precisión. Ahora hay algunos poseedores del tercer juego que se quejan porque los cambios para Drake’s Deception han inutilizado algunas armas.
En respuesta a esto Naughty Dog, desarrolladores de la serie, ha explicado extensivamente cómo y cuáles han sido los cambios que han sufrido las armas para este tercer juego, añadiendo no sólo el «culatazo» que dan algunos rifles al disparar, sino el movimiento de los enemigos y la previsión de disparo modificada de algunos rifles clásicos de la serie.
