Binary Domain no es solo un clon de Gears of War, pues tiene cosas que bien podrían catalogarse como mecánicas de Mass Effect o de otros de los RPG’s hechos por BioWare: No solo tus compañeros de escuadrón marcarán la diferencia dependiendo de cómo los trates, sino que también la historia será algo distinta.
Por ejemplo, el sistema de «confianza» entrará en juego afectando el trato que recibas de tus compañeros de escuadrón, ya sea obedeciendo o desobedeciendo tus órdenes, dependiendo de cómo los hayas tratado a ellos.
De igual forma, un personaje en específico podría hacer cosas distintas en una misión que otro, cambiando el ritmo y el desarrollo de alguna misión.
Además, las consecuencias de estas acciones cambiarán la forma en que el juego se desenvuelva.