Quizá la queja generalizada más notoria de Metroid: Other M fue la historia y, sobretodo, culparon de este hecho al desarrollador que Nintendo eligió para llevar acabo el proyecto: Team Ninja.
Pero parece ser que las cosas no son como aparentan, pues según Yosuke Hayashi, el mero mero de Team Ninja, todo lo que tiene que ver con la historia del juego fue trabajo de Nintendo.
«La historia de Other M fue un profucto del señor [Yoshio] Sakamoto de Nintendo,» aclaró Hayashi a G4TV. «Trabajamos con Nintendo en el proyecto, pero la historia fue hecha por Sakamoto.»
Un hecho bastante sorprendente tomando en cuenta que Sakamoto ha fungido como productor de todos los títulos de Metroid y es el co-creador de la serie.
